Desde los inicios de la Liga Femenina en 1997, Magnolia demostró de que las mujeres tenían la capacidad para desarrollar buen futbol. Desarrolló la mayoría de su carrera en Comunicaciones, donde fue pieza en el hexacampeonato que ganaron.
Posteriormente fue llamada a ser la capitana de la Selección Nacional, con la que se coronó bicampeona centroamericana. En la I Copa Centroamericana, en 1999, Guatemala ganó tras vencer 2-0 a Costa Rica. En aquella ocasión, Pérez fue la goleadora con ocho tantos en cuatro partidos, incluyendo la final.
Es tal el legado de Magnolia, que la primera legionaria guatemalteca en el futbol español, Ana Lucía Martínez, indicó que Pérez se encargó de hacer notar el futbol femenino en Guatemala.